จากข่าวที่ปรากฏบนสื่อทางสังคม เกี่ยวกับการกล่าวหาผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านเกาะหลีเป๊ะ  ว่ายอมให้นายทุนมาก่อสร้างอาคารในพื้นที่โรงเรียนทำให้เกิดความเสียหายแก่ทรัพย์สินทางราชการ  โดยผู้อำนวยการโรงเรียนได้รับผลประโยชน์จากนายทุนรายดังกล่าวนั้น สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสตูลขอชี้แจงข้อเท็จจริง ดังนี้  จากกรณีที่เคยเกิดความขัดแย้งระหว่างโรงเรียนบ้านเกาะหลีเป๊ะกับเอกชนรายหนึ่ง เกี่ยวกับการรุกล้ำเขตแดน ซึ่งทางเอกชนรุกล้ำโรงเรียนจำนวน 7 จุด และโรงเรียนรุกล้ำเอกชน จำนวน 1 จุด  จึงได้มีการตกลงที่จะรื้อถอนสิ่งปลูกสร้างที่รุกล้ำ ส่วนของเอกชนที่รุกล้ำเขตแดนของโรงเรียน ซึ่งได้   รื้อถอนไปหมดแล้ว เหลือแต่ในส่วนของโรงเรียนที่รุกล้ำพื้นที่ของเอกชน 1 จุด เป็นเนื้อที่ 69 ตารางวา โรงเรียนได้สร้างเป็นโรงอาหารสำหรับนักเรียน และเอกชนรายดังกล่าวยินดีที่จะช่วยรื้อถอน และสร้างโรงอาหารหลังใหม่บริจาคให้โรงเรียนตามข้อตกลงที่ได้บันทึกประจำวัน ณ สถานีตำรวจภูธรเกาะหลีเป๊ะ เมื่อวันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2566  ต่อมาเมื่อวันที่ 27 เมษายน 2568 ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านเกาะหลีเป๊ะ ว่าที่ร้อยโท ดร.สำราญ ชูแก้ว ได้เชิญเจ้าหน้าที่ธนารักษ์ และเจ้าหน้าที่ที่ดิน เพื่อชี้แนวเขตตามหนังสือสำคัญสำหรับที่หลวง เลขที่ สต.0298 เพื่อจะรื้อถอนโรงอาหารที่โรงเรียนรุกล้ำเนื้อที่เอกชน ปรากฏว่าได้มีชาวบ้านมาขัดขวาง ไม่ให้เจ้าหน้าที่ชี้แนวเขตตามที่ปรากฏตามสื่อออนไลน์ ทั้งนี้ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านเกาะหลีเป๊ะได้ดำเนินการตามอำนาจหน้าที่ และเอกชนได้ดำเนินการตามข้อตกลงที่ได้แจ้งไว้ในหนังสือโดยชอบแล้ว